Con el cambio de milenio, y sin el apoyo financiero de la Fundación Social (cabe resaltar que el acompañamiento profesional ha continuado hasta la fecha), muchas de las organizaciones de base se retiraron. Se presenta dentro de la Asociación una crisis económica, que limita y dificulta el sostenimiento de Arreciclar, debido a que no se tenían recursos económicos, ni herramientas suficientes para generarlos.

Es en esta coyuntura cuando se inicia un proceso de aprendizaje y resiliencia, y se fortalece la capacidad de la entidad para formular proyectos y generar recursos. En el 2003, llega la primera aprobación de proyectos por medio de Eco Fondo; entidad con la que se trabaja hasta 2011 en Antioquia y el Chocó. También, en el periodo comprendido entre 2002 y 2003, se recibían además algunos recursos de apoyo por parte de la Asociación Nacional de Recicladores –ANR–.