El proyecto con la Unión Europea, del II Laboratorio de Paz, inicialmente se planteó dentro de la temporalidad 2003 – 2006, pero dadas algunas dificultades, tuvo periodos de suspensión y se alargó el proceso hasta el año 2011. Este proyecto tenía varias líneas, a saber: Fortalecimiento institucional, proyecto productivo, cadena de comercialización, desarrollo de territorio, entre otras.

Las organizaciones con procesos más avanzados apadrinaban a organizaciones más pequeñas; y el objetivo era desarrollar un proceso regional y colectivo donde cada organización aportara desde sus fortalezas. Sin embargo, por las individualidades de cada organización y la incapacidad para trabajar en colectivo este objetivo, no se logró en su totalidad.